Herz Jesu gehört zur Pfarrgemeinde St. Marien.

Für die Zustimmung zum Bau des Panzerkreuzers "König Wilhelm" forderte das Zentrum 1897 den Bau einer Garnisonskirche in Cuxhaven.

Die Kirche wurde 1900 als St.-Michaels-Kirche geweiht.
Da durch den Tod des ersten Pfarrers bald nach der Einweihung der Name der Kirche vergessen wurde - die Bevölkerung nannte sie nur Garnisonskirche - erhielt sie nach dem Übergang an die Zivilgemeinde 1924 den Namen „Herz Jesu“.

Der ursprüngliche Name wurde 1966 im Reliquiengrab des Altares wieder entdeckt.
Heute ist Herz Jesu Filialkirche.